В принципе имхо если бы вся сеть, включая файловые серверы и серверы БД, ПО было бы под Линукс и Виндовса небыло бы вооще, можно было бы довольно быстро приспособится, и всё было бы чики-пуки.
Весь гемор, имхо, из-за смешивания систем и ПО вин-линух, "притирки" их друг к другу в общей системе.