В программе МХДД есть такой инструмент (перед глазами нет данной программы). Ищи в меню слово "cut".
Там вроде задаёшь номер начального и конечного сектора вырезаемой области. Но если что - можно вернуть обратно.
В мануале к программе (существует и русский вариант) всё детально описано.
Существует сокращённая и полная версия mhdd (c возможностью снятия и перезаписи Firmware и адаптивов с флеш-ПЗУ и служебной области диска). Существуют клоны (Victoria). Есть также mhdd адаптированные к определённым маркам жёстких дисков (Видел для Фуджитсу серии MPG).
Существует также программно-аппаратный комплекс PC-3000 для ремонта, восстановления и диагностики HDD...